Comporta três excepções: a teoria do estado de necessidade, teoria dos actos políticos, o poder discricionário da Administração.
A Teoria do Estado de Necessidade, diz que em circunstâncias excepcionais, em verdadeira situação de necessidade pública, a Administração Pública, se tanto for exigido pela situação, fica dispensada de seguir o processo legal estabelecido para circunstâncias normais e pode agir sem forma de processo, mesmo que isso implique o sacrifício de direitos ou interesses dos particulares.
Quanto à Teoria dos Actos Políticos, ela não é em rigor uma excepção ao princípio da legalidade. Segundo ela, os actos de conteúdo essencialmente político, os actos materialmente correspondentes ao exercício da função política – chamados actos políticos ou actos do governo –, não são susceptíveis de recurso contencioso perante os Tribunais Administrativos.
O Poder Discricionário da Administração, não constitui, de modo nenhum, uma excepção ao princípio da legalidade, mas um modo especial de configuração da legalidade administrativa. Com efeito, só há poderes discricionários aí onde a lei os confere como tais. E, neles, há sempre pelo menos dois elementos vinculativos por lei – a competência e o fim.