Existe segundo Assis e Nepomuceno (2008) algo de comum entre o estruturalismo e a etnociência: ambos derivam os seus princípios da linguística estrutural.
Para os estruturalistas trata-se de descobrir as regras que emanam da estrutura mental que governa a linguagem e o pensamento humanos.
Para os etnocientistas trata-se de descobrir o quadro mental, definido culturalmente, que orienta o comportamento humano numa dada sociedade.
Mas ara Eriksen e Nielsen (2007) enquanto o estruturalista define ele próprio as categorias binárias de oposição com que vai interpretar a cultura que é objecto do seu estudo, o etnocientista procura entender e usar as categorias dos próprios actores, tentando não contaminá-las com as suas próprias categorias.
O seu objectivo é descobrir o mapa cognitivo que governa os comportamentos e, a partir dele, explicá-los.
Segundo afirmam Santos (1969) e Eriksen & Nielsen (2007) usando uma metáfora podemos dizer que os indivíduos são como que comandados por um sistema operativo, arquivado no seu cérebro, e que se conseguíssemos aceder a esse sistema estaríamos em condições de entender o comportamento humano e o sentido dos sistemas culturais.
Cada cultura possuio seu sistema operativo próprio. O etnocientista procura não misturar as categorias do seu próprio sistema operativo com as do sistema que estuda.
O que a etnociência não explica de acordo com Santos (1969) é porque é que diferentes sociedades desenvolvem diferentes sistemas operativos (basicamente o mesmo problema do estruturalismo com a sua noção de estrutura profunda).
Outro problema desta abordagem é aquilo a que se pode chamar “o perigo do informante bem informado”, ou seja, como o número de potenciais informantes é ilimitado, os etnógrafos, por razões práticas de capacidade, têm de trabalhar com um pequeno número apenas, acabando frequentemente por ficarem limitados a apenas um informante.
Este, muitas vezes, é escolhido devido a uma aparente maior competência para descodificar o sistema operativo da sua cultura, ou, simplesmente, por ser de contacto fácil.
