O conflito aramdo entre a Frelimo e a Renamo impôs duras perdas a Educação a Moçambique, houve grandes problemas, sobretudo com a destruição das infraestruturas escolares.
Nos anos de 1981 a 1987, 50% das escolas primárias, 13% da rede escolar secundária, 22,5% dos centros de formação de professors e muitos centros de alfabetização da população adulta fecharam, o deslocamento de milhares de pessoas para as zonas urbanas, em busca de segurança, levou ao esvaziamento das escolas de várias regiões de Moçambique.
No ano de 1992, só restava 1,2 milhão de alunos do ensino primário, número igual ao que existia em 1983. Este conflito teve consequências sofridas ao longo das últimas décadas, muito embora o conflito não fosse responsável por todas as consequências sofridas pela área da educação, pois nem todas as regiões do país sofreram igualmente as consequências da guerra, como o centro do país, Zambézia, Sofala e Tete.
Por outro lado, muitas políticas públicas estabelecidas pelo governo para o funcionamento do Estado tiveram consequências negativas, como por exemplo o futuro reajustamento da estrutura dos advogados pelo FMI e Banco Mundial (BM) e a expansão da área da educação.
O governo continuou de modo centralizado o sistema herdado do sistema colonial e continuou com escassez de quadros para fiscalizar as ações que estavam na fase de implementação dos níveis considerados mais baixos da administração pública, existindo um impacto na formação de professores.
No ano de 1987, alguns anos depois da independência, quando o país aderiu ao BM e ao FMI, estas organizações internacionais orientaram o governo a estabelecer o Programa da Reabilitação Econômica (PRE), que levou em consideração a alteração funcional do aparelho do Estado e também a alteração da sociedade.
Os efeitos da guerra causaram impacto nas várias áreas importantes do país, principalmente na área da educação, onde o governo cortou gastos públicos e estes cortes afetaram a área da educação, pois estas verbas que foram cortadas, passaram a ser encaminhadas para a reabilitação dos efeitos gerados pela guerra
civil.
Quando se deu o fim da guerra civil, no domínio da PRE, os novos acordos políticos em termo das estratégias de desenvolvimento e da prestação efetiva de serviços públicos foram assinados e estes acordos estabeleceram as bases para a construção do quadro legislativo e constitucional
