O rio Incomati, nasce na província sul-africana de Mpumalanga. Discorre para o leste, descendo por uma planície cortando um vale de 900 metros de profundidade no noroeste da Suazilândia antes de atingir a Cordilheira Lebombo.
Neste ponto se une ao Rio Crocodilo e corta outro vale – o de Komatipoort, de 210 metros de profundidade – através da cordilheira. Atravessa a fronteira de Moçambique em Ressano Garcia e desemboca ao Oceano Índico na parte norte da Baía de Maputo.